Wie eine Zuzahlung geleistet wird, ist von Unternehmen zu Unternehmen unterschiedlich: grundsätzlich entweder aus dem Netto oder aus dem Brutto per Entgeltumwandlung (das hat steuerliche Vorteile).
Um die Abrechnung selbst kümmern sich Everphone und dein Arbeitgeber. Du musst dich um nichts kümmern.